Die Gemeinde Weilheim ist sei je her katholisch geprägt. So kommt es, dass auf Gemeindegebiet zahlreiche katholische Kirchen und Kapellen existieren, die evangelischen Kirchen aber in Waldshut bzw. Tiengen zu finden sind.

Evangelische Kirchengemeinde Waldshut

Die Ortsteile Nöggenschwiel, Aisperg, Brunnadern, Waldhaus, Remetschwiel, Bannholz, Ay, Bierbronnen, Heubach und Rohr gehören zur Evangelischen Kirchengemeinde Waldshut.

Evangelische Kirchengemeinde Tiengen

Die Ortsteile Weilheim, Bürglen, Dietlingen und Schnörringen gehören zur Evangelischen Kirchengemeinde Tiengen.